Если в конкурсной документации указана цена с НДС, а организация на УСН. Как быть организации?

Если конкурс по 44 ФЗ, то спокойно участвовать.

Законом № 44-ФЗ не определен порядок действий заказчика, в случае если победитель конкурентной процедуры использует упрощенную систему налогообложения.

Следовательно, контракт всегда заключается по цене, предложенной победителем закупки. Сумма, предусмотренная контрактом за поставленные товары, выполненные работы, оказанные услуги, должна быть оплачена победителю закупки в установленном контрактом размере. Цена заключенного контракта может быть изменена только в случаях, предусмотренных статьями 34 и 95 Закона № 44-ФЗ.

В соответствии с письмом Минэкономразвития РФ от 05.09.2014 № 03-11-11/44793, если победитель применяет УСН, уменьшение цены контракта на сумму НДС не производится. Как следует из письма   ФАС России  (от 21.08.2014 № АЦ/33651/14), в данном случае сумма НДС признается прибылью победителя закупки. В процессе осуществления закупки и заключения контракта заказчик не вправе корректировать цену контракта, предложенную применяющим УСН участником ( письмо Минэкономразвития России (от 07.10.2015 № Д28и-2906).

Следовательно, в случае признания победителем аукциона организации  контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя торгов вне зависимости от применения системы налогообложения победителем