Важен ли порядок прилагаемых документов к заявке на участие в открытом конкурсе? Могут ли отклонить заявку, если документы приложены не в том порядке, который указывает заказчик? Будет ли это законно?

Если есть опись, то необходимо прикладывать так, как указано Вами в описи. Если Заказчику не требуется опись документов, то можно приложить и в разном порядке. По 44 ФЗ точно не отклонят, а по 223 могут, но в таком случае жалоба в ФАС и скорее всего комиссия не найдет противоправных действий, но если жесткий регламент указан в положении о закупках Заказчика, то скорее всего признают отклонение обоснованным.