Какая практика выставления заказчику пени за несвоевременно оплаченный контракт?

Правила (см.Постановление Правительства РФ от 30.08.2017 № 1042) определения неустойки (пени) по закону № 44-ФЗ являются императивными (обязательными). Закон № 44-ФЗ и Правила устанавливают только нижний предел ответственности подрядчика в виде пени - "не менее чем одна трехсотая действующей на дату уплаты пени ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации", и не содержат запрета на увеличение соглашением сторон размера пени (Определение Верховного Суда РФ от 31.03.2016 № 306-ЭС15-15659,  дело № А55-30563/2014)

Обыкновенная. Считаете пени, отправляете акт сверки Заку. Подписывает- хорошо, не подписывает- суд.