Отклонили заявку на участие в ЭА по 44 ФЗ из-за отсутствия ИНН учр-й, законно ли это?

Правомерно. Перечень документов, которые должны содержаться в составе второй части заявки на участие в электронном аукционе, установлен пунктом 1 части 5 статьи 66 Федерального закона «О контрактной системе» вторая часть заявки на участие в электронном аукционе должна содержать, в частности идентификационный номер налогоплательщика учредителей, членов коллегиального исполнительного органа, лица, исполняющего функции единоличного исполнительного органа участника такого аукциона.

Во время прохождения процедуры аккредитации на электронной площадке участник предоставляет ряд документов, в том числе устав, выписку из ЕГРЮЛ/ЕГРИП, приказы, подтверждающие полномочия руководителя. Но эти документы не входят в состав заявки на участие в закупке.
ИНН учредителей в составе вторых частей должен быть обязательно, иначе отклонение. Имеет смысл сделать анкету на учредителей и гендира и с декларацией о соответствии единым требованиям и всегда лепить ее ко 2ым частям.
Аналогичной позиции придерживается и УФАС http://omsk.fas.gov.ru/solution/11897