Подписали контракт на площадке с одними условиями, а в ЕИС контракт опубликован с другими условиями. Как такое возможно и кто теперь прав?

Реально такая ситуация может произойти. Нужно посмотреть Аукционную Документацию
Необходимо Еще раз внимательно проверить контракт на ЭТП:
1. Может поставщик Сам подписал контракт по поставке 3 флагов по опр.цене ;
2. Если  контракты на ЭТП  и в  ЕИС не совпадают, то Заказчик внес недостоверную информацию (Это нарушение, предусмотренное ч. 5 ст. 7.32.3 КоАП РФ «Неразмещение в единой информационной системе в сфере закупок информации о закупке товаров, работ, услуг, размещение которой предусмотрено законодательством Российской Федерации в сфере закупок товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц». Оно влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от 30 тыс. до 50 тыс. руб.; на юридических лиц – от 100 тыс. до 300 тыс. руб.)

Редакция Контрактов заключенных на торговой площадке и ЕИС отличается, потому что Заказчик, после подписания Контракта на торговой площадке, еще публикует в ЕИС "сведения о заключенном контракте". К этим  сведениям он крепит скан-образ  Контракта с подписями сторон. Если контракт заключается по результатам Электронного аукциона, то допускается крепить Контракт в формате Word. Так как контракт уже подписан в электронном виде. Видимо этим и воспользовался ваш Госзаказчик и прикрепил Контракт отличный тем условиям, с которыми вы подписывали Контракт.  

Рекомендую вам зайти на ЕИС и сравнить документацию прикрепленную к закупке и документацию прикрепленную к Контракту. 

Если это так, то Заказчик, конечно не имел права так делать, а по существу просто обнаглел.

Здравствуйте, в соответствии с Фз-44 заказчик не имеет право менять существенные условия контракта, то есть количество, цена, сроки поставки товара являются существенными условиями контракта (предмет). Соответственно если в аукционной документации просили поставить 1 флаг  то вы должны поставить 1 один флаг. Но в соответствии со ст. 95 ФЗ-44 не запрещается поставить поставщику товар с улучшенными характеристиками. Когда вы подписывали контракта вы согласились  на условия поставки Товара.
Для полного ответа на Ваш вопрос  надо ознакомится с аукционной документацией и заключенным контрактом.

Заказчик обязан  подкрепить и подать в реестр контрактов точно такую же информацию, которая была в расчёте НМЦК и в аукционной документации или извещении. Если в документации и в расчёте НМЦК было 2 флага - значит должно быть 2 флага. Однако, если в документации Заказчиком устонавливалось право  при заключении контракта увеличить  коллическтво, то при заключении контракта может измениться колличество и пропорционально сумма, по цене , котоорая победила по результатам торгов. но не превышающем начальную максимальную цену. В противном случае - это недоствоерная информация в реестре контрактов по отношению к документации . Штраф на Заказчика  ( память мне изменяет) 30-50 тыс. рублей.

Стоит лучше проверить наименование характеристики, обозначающую единицу количества. К примеру, если в одном месте было указано "1 шт", "1 к-т", "1 ед.", "1 у.е.", то в другом - вполне возможно будет описано немного иначе; нет ли где обозначения, что эта одна единица в себя включает те самые "3 флага"?
В случае нахождения таковых сюрпризов - лучше проверять в каком конкретно описании это было прикреплено в любом документе с содержанием по тексту "приложение к [проекту] контракту[а]. Убедитесь, что не было допников (в протоколах разногласий недоглядели) с такими изменениями (при наличии таковых вообще). 
Если есть расхождения предложения заявки участника и итоговым приложением к контракту - это одно нарушение. Если есть расхождение контракта, подписанного на площадке и контракта вывешенного в реестре контрактов - то это уже другое нарушение.  Вам в любом случае, в суд! 
В качестве досудебного можете попугать ЗКЧ тем, что это нарушение не только 44-ФЗ, а банально тупой подлог документов (умышленный, с попыткой сокрытия, если контрактная служба - херачте еще и группу лиц), (закон об ЭЦП это позволяет), и ответственность уже соответствующая.... и рамки уже не КоАП, а другого Кодекса.
Удачи!

Доброе время суток. 1) Надо смотреть документацию (укажите номер извещения) какое количество просил Заказчик. 2) Если вы в своей заявке указали, что вы готовы поставить 1 флаг за 80 000 руб. и Заказчик Вас допустил, то он не в праве указывать информацию  в ЕИС, как вы указали в своем вопросе. Потому, что контракт заключается на основании информации указанной  в извещении о закупке и на основании информации указанной в вашей заявке и по цене предложной вами. Для начала позвоните Заказчику и объясните, что если он не внесет изменения в информацию размещенную в ЕИС, то вы будете вынуждены обратиться в ФАС и Арбитражный суд. Напишите претензию и  отправьте заказным письмом с уведомлением о вручении или вручите лично, но пусть вам на втором экземпляре поставят отметку получено и не дожидаясь ответа пишите жалобу в ФАС. 

Коллеги, доброго вечера. Так интересно стало, можно ссылку на закупку?

Не совсем согласен с Сергиусом. Дело в том, что количество товара не является характеристикой товара, поэтому в теории участник может в заявке указать абсолютно любое кол-во, и отклонять за это его не имеют права. 
Количество товара - это существенное условие договора, Зак не вправе "на ходу" вносить изменения.
Поставляйте один флаг за 80 000 руб, выставляйте Заку документы на оплату. Если будет динамить с приёмкой и/или оплатой, документируйте всё, прикладывайте скриншоты с площадки и прямиком в суд, УФАС здесь уже не поможет - их работа заканчивается после подписания контракта.