Мы не являемся организацией инвалидов. Не будет ли снижена цена контракта на 15% от выигрышной цены в случае нашей победы? Так как инвалиды имеют преимущество 15% - прописано в извещении

Не будет. 
При предоставлении преференций, если они на Вас не распространяются, цена контракта не меняется.
А вот, если бы Вы попадали под преференцию, то цена, определенная в ходе торгов, наоборот бы была увеличена на 15 % (но не более чем начальная цена).
При любом раскладе, цена контракта при заключении из-за преференций не уменьшается, а увеличивается.