Надо ли вносить изменения в части НМЦ договора (в реестре договоров 223-ФЗ), если договор исполнен на меньшую сумму? Или вносятся только данные о расторжении договора на основании соглашения?

При внесении данных о расторжении договора на основании Соглашения, в обязательном порядке указывается и сумма, на которую договор исполнен. Регистрация Соглашения о расторжении в ЕИС производится путем внесения изменений в договор и прикрепления документов, служащих основанием для расторжения. 
Таким образом, внесение данных  Соглашения о расторжении автоматически поменяет и цену зарегистрированного ранее договора. 
В Вашем случае, регистрация Соглашения о расторжении и изменение НМЦК - это одна и та же операция.