Заявку отклонили по причине того, что "не указаны сведения о включенных (не включенных) в цену расходах." Достаточно ли было указать: "организация и проведение работ - ____руб"? Или смету расписывать?

Добрый вечер, поздно отвечаю, но на будущее -  априори, извещение, имеется офертой, и подавая заявку, участник закупки заранее соглашается на ВСЕ условия, в том числе, и  условия проекта контракта. (ГПД). 

Необходимо детально изучить извещение и документацию о Закупке.
Однако, запрос котировок - это форма проведения закупки ТРУ, в которой учитывается лишь ценовое предложение. Исходя из этого, можно предполагать, что отклонение Вашей Заявки неправомерно. 

Какой номер извещения надо смотреть, какие требования установлены к заявке. Моё мнение отклонили неправомерно, так как вы предлагаете цену за которую согласны выполнить работы.

Т.к. закупка в рамках 223-ФЗ, то вполне возможно, заказчик оставил за собой такое право - требовать описания структуры цены предложения даже в котировочной заявке. Надо смотреть инструкцию по заполнению заявки. Если в наборе слов "заявка участника", "форма заявки", и т.д. и т.п. отсутствует слово "примерная", а в самой форме заявки есть графа "структура цены", или "в цену входит" и аналогичное - ндо было описывать. И смета в данном случае не поможет, приложив ее - получили бы такой же результат, т.к. здесь необходимо было бы прописать все налоги, обязательные  платежи, накладные расходы. в т.ч. и сметные расходы, и проч. Такая строчка о структуре цены обязана присутствовать в проекте контракта. Ее бы и копипастили.