Может ли наступить уголовная ответственность для заказчика по 44-ФЗ за закл.контракта с ед.поставщиком на ремонтные работы (без аукциона)? Смета прошла госэкспертизу, работы выполнены в полном объеме.

В КоАПП РФ предусмотрена административная ответственность заказчика за  выбор неправильного способа размещения заказа в размере 30 тыс. рублей.
НО. Непроведение конкурентных процедур может привести к нецелевому расходованию средств, влекущему дополнительный расход денег из бюджета. А здесь уже все зависит от суммы заключенного контракта.
Если от 1,5 до 7,5 млн. руб. - это крупный размер и штраф 100-300 тыс.руб., лишение права занимать определенные должности сроком до трех лет, принудительные работы, лишение заработной платы. Наказание может быть применено одно, либо в совокупности несколько.
Если свыше 7,5 млн. руб. - то это особо крупный размер, и штраф 200-500 тыс. руб., лишение права занимать определенные должности сроком до трех лет, принудительные работы, лишение заработной платы, и - главное - лишение свободы на срок до 5 лет. Так же, как в первом случае, может быть применена одна мера наказания или несколько.

Нет, есть такое понятие как прямая закупка по 44-ФЗ, с условием что данный договор на сумму до 100 (400) тыс.руб.,(ФЗ-44 ст.93 ч.1 п.4 и п.5). ВАЖНО: Прямые контракты до 100 000 рублей Соглашение на сумму до 100 000 рублей допускается в том случае, если годовой объем закупок по этому основанию не превышает 2 млн.руб. или не превышает 5% от СГОЗ и составляет не более 50 млн.руб.Размещение информации в ЕИС о такой госзакупке не является обязательным. Однако заказчику рекомендуется вести журнал регистрации договоров и хранить всю документацию, так как в конце финансового года по таким закупкам необходимо будет отчитаться, путем составления отчетов, которые размещаются, в том числе и в ЕИС. И не забыть что закупки на сумму, не превышающую 100 тыс. рублей (по п.4 ч.1 ст.93 Федерального закона № 44-ФЗ) в плана-графиках указываются отдельной строкой. 
Если договор до 400 тыс.руб. то такие госзакупки могут осуществлять заказчики, которые являются государственным или муниципальным учреждением культуры, основная деятельность которых — сохранение и популяризация объектов культурного наследия, а также иные государственные или муниципальные образовательные учреждения и иные учреждения, перечисленные в п. 5 ч. 1 ст. 93. При этом сумма договора не должна превышать 400 000 рублей, годовой объем закупок не должен быть выше 50% от СГОЗ и составлять более 20 млн. руб. 

Заказчик и  правомерно мог заключить такой контракт с ед. Поставщиком  , например по п 4 ч 1 ст 93 и по п 5 ч 1 чт 93 44-фз если у него имелась такая возможность ... нужно рассматривать конкретный случай.  предоставьте дополнительную  информацию...цену контракта хотелось бы узнать, заказчика, наименование предмета контракта 

То что работы выполнены в полном объеме и оплачены это еще не показатель. В рамках закупки будет проверка, будут смотреть все ли в наличии, все ли функционирует, есть ли нарушения. Есть ли акт ввода в эксплуатацию. Будут брать пояснения о причинах ухода от конкурентной процедуры. Могут назначить проведение строительной экспертизы. И если в результате проверочных мероприятий будет выявлен ущерб. то вполне могут возбудить превышение должностных полномочий.

а еще следственные органы могут возбудить дело о превышении должностных полномочий. По крайней мере в отношении министра дорожного хозяйства одного из регионов нашей необъятной родины пытаются посадить в том числе и по 286 статье УК РФ