Может ли заказчик отменить электронный аукцион по 44-ФЗ после окончания срока подачи заявок?

По общим правилам, нет.
Но есть и исключения(обстоятельства непреодолимой силы).
Отмена аукциона возможно только  не позднее, чем за 5 дней до дня окончания подачи заявок.
Ст. 36.1.  Закона о контрактной системе:
" Заказчик вправе отменить определение поставщика (подрядчика, исполнителя) по одному и более лоту, за исключением проведения запроса предложений, не позднее чем за пять дней до даты окончания срока подачи заявок на участие в конкурсе или аукционе либо не позднее чем за два дня до даты окончания срока подачи заявок на участие в запросе котировок. После размещения в единой информационной системе извещения об отмене определения поставщика (подрядчика, исполнителя) заказчик не вправе вскрывать конверты с заявками участников закупки или открывать доступ к поданным в форме электронных документов заявкам. В этом случае заказчик не позднее следующего рабочего дня после даты принятия решения об отмене определения поставщика (подрядчика, исполнителя) обязан внести соответствующие изменения в план-график."

НО, ОТМЕНА АУКЦИОНА возможна в случае возникновения обстоятельств непреодолимой силы в соответствии с гражданским законодательством. О чем сказано в ст. 36.2.:
"По истечении срока отмены определения поставщика (подрядчика, исполнителя) в соответствии с частью 1 настоящей статьи и до заключения контракта заказчик вправе отменить определение поставщика (подрядчика, исполнителя) только в случае возникновения обстоятельств непреодолимой силы в соответствии с гражданским законодательством". О таких обстоятельствах сообщается всем участникам, а решение об отмене в тот же день публикуется в ЕИС