Аукцион по 44-ФЗ. Предмет закупки облагается НДС 18%. Среди участников есть компания с УСН. Получается, что она имеет преимущество в 18% перед остальными участниками?

Преимущество в 18% по НДС было бы в случае если УСН вообще не платил бы налоги. 
По факту для УСН с объектом "Доходы" налоговая ставка составляет всего 6%,при этом регионы имеют право снижать налоговую ставку на УСН Доходы до 1%, соответственно в данном случае в сравнении с НДС преимущество в  12-17%. Для УСН с объектом "Доходы минус расходы" налоговая ставка составляет 15%, но и она может быть снижена региональными законами вплоть до 5%, соответственно в данном случае в сравнении с НДС преимущество в  3-13%.
С точки зрения формулировки по контракту действительно получается что для участника с НДС будет указано что в составе стоимости контракта заложен налог в размере 18%, а для участника с УСН стоимость контракта не облагается налогом.
В то же время есть утверждённый перечень товаров, не облагаемых НДС, или облагаемый НДС 10%. В случае если товар не облагается НДС, то участники, работающие с НДС, получают преимущество перед участниками с УСН, т.к. вторые обязаны оплатить налог с дохода.

ПО 44-ФЗ

УСН имеет явное преимущество перед организацией ,работающей на ОСН (Общая система налогооблажения) в следующем случае:

 

1. Работы, услуги, обслуживание и т.д. без использования МАТЕРИАЛОВ.

Компания работающая на УСН ( 6% , ИП обычно «перебирает» годовой доход свыше 300000 руб и доп.оплачивает в ПФР +1%, т.е. всего 7 % ) УСН-щики 6% -платят всего 6% (7% см.выше) от дохода.

Организация на ОСН платит налог на добавленную стоимость 18% + основные налоги

УСН на доход-расход (15%) –НДС нет, но налог 15%.

 УСН-щики  (6-7%) могут быть в проигрыше в след.случае:

2. Поставка товара(материала) неважно купленную с НДС или без.

Условно аукцион на сумму 100руб. Товар который нужно поставить стоит (можете приобрести ) за 80 руб. Предполагаемая прибыль 20% -неплохо, но если во время торгов  произошло снижение на 15% ,т.е. аукцион выигран за 85рублей. После поставки необходимо оплатить налог ( 6-7%) – это составит 6-7рублей.

Итого затраты поставщика составят 80+6(7) = 86 (87) рублей 

Затраты могут превысить  прибыль. Нужен «холодный» расчет насчет снижения цены по ставки товара

Преимущество Организаций по УСН или ОСН необходимо считать в каждом конкретном случае (закупке).

Многие поставщики создают аффилированные организации находящиеся на разных системах налогообложения, которые приводят к Оптимизации налогов.